Chiến tranh Đông Dương kết thúc, Kosem ở lại phục vụ cho quân đội Vương quốc Campuchia với cấp bậc Thiếu tá. Ông được bổ nhiệm làm Trưởng phòng tình báo, Chỉ huy phó Lực lượng biên phòng, kiêm Tư lệnh quân nhảy dù và chỉ huy phó Lực lượng phòng thủ thủ đô Phnom Penh.

Mặc dù theo đuổi một chính sách trung lập, nhưng mối quan hệ giữa Campuchia với quốc gia láng giềng lại không mấy hữu hảo. Thái độ trung lập đã biến Campuchia thành nơi trú chân cho các lực lượng đối lập chống chính phủ Việt Nam Cộng hòa, bao gồm các giáo phái, các sĩ quan Việt Nam lưu vong, các bộ tộc thiểu số ở Cao Nguyên, và cả những người Cộng sản... Giữa những mối liên hệ đó, Les Kosem là một mắt xích rất quan trọng.

Ngay từ đầu năm 1955 thời Quốc gia Việt Nam, khi áp lực của Thủ tướng Ngô Đình Diệm đòi giải thể các lực lượng vũ trang giáo phái lên cao, Les Kosem đã có những liên hệ với chức sắc Cao Đài là Hộ pháp Phạm Công Tắc và tướng Hòa Hảo Lê Quang Vinh.

Tháng 10 năm 1955, Ngô Đình Diệm tổ chức trưng cầu dân ý để phế truất Bảo Đại và lên làm Tổng thống rồi mở những chiến dịch quân sự liên tục sau đó để tiêu diệt thế lực giáo phái cát cứ. Thủ lĩnh của các giáo phái đều phải lưu vong sang Campuchia. Tất cả đều được tình báo Campuchia, do Kosem chỉ huy, tiếp đón và tổ chức cuộc sống lưu vong, tập hợp thành một lực lượng chống đối Tổng thống Diệm từ hải ngoại mà đứng đầu là Hộ pháp Phạm Công Tắc.

Tình hình cũng tương tự như thế đối với các bộ tộc Tây Nguyên người Thượng. Lực lượng tình báo Campuchia, với sự trợ giúp của tình báo Pháp, đã tích cực xây dựng những mối liên hệ để chống đối lại quyền kiểm soát của chế độ Việt Nam Cộng hòa tại Cao Nguyên. Camp Rolland, một căn cứ cũ của Pháp sát biên giới Việt Nam, được xây dựng thành trại huấn luyện các chiến binh thiểu số để tung vào Cao Nguyên quấy rối chính quyền Việt Nam Cộng hòa.